Podczas premiery filmu „Rock the Kasbah” w Nowym Jorku Zooey Deschanel powiedziała dziennikarzowi „Entertainment Tonight”, że jej córka nazywa się Elsie. Dziewczynka przyszła na świat w sierpniu 2015 roku. Ojcem dziecka jest producent Jacob Pechenika.
Para spotyka się od sierpnia 2014 roku. W styczniu 2015 roku ogłosili, iż zostaną rodzicami i zaraz potem się zaręczyli. W wakacje 2015 roku w tajemnicy wzięli ślub.
Dla Zooey Deschanel to drugie małżeństwo. W 2012 roku rozwiodła się z Benem Gibbardem z Death Cab for Cutie. Z mężem aktorka pracowała przy „Rock the Kasbah”.
Zooey Deschanel i M. Ward jako She & Him przygotowali pod koniec 2014 roku cover piosenki „God Only Knows”. Przeróbka powstała na potrzeby serialu „Jess i chłopaki”, którego gwiazdą jest 35-latka. Dorobek She & Him zamyka płyta „Classics”. Longplay ukazał się w grudniu 2014 roku.