Zooey Deschanel poślubiła ojca dziecka, producenta Jacoba Pechenika („The Skeleton Twins”). Para spotyka się od lata 2014 roku. Ostatnio razem pracowali nad komedią „Rock the Kasbah”. W styczniu 2015 roku ogłosili, iż zostaną rodzicami. Dla artystki to pierwsze dziecko. Imię małej na razie nie zostało ujawnione.
Dla Deschanel to drugie małżeństwo. W 2012 roku rozwiodła się z Benem Gibbardem z Death Cab for Cutie.
Zooey Deschanel i M. Ward jako She & Him przygotowali pod koniec 2014 roku cover piosenki „God Only Knows”. Przeróbka powstała na potrzeby serialu „Jess i chłopaki”, którego gwiazdą jest 35-latka. Dorobek She & Him zamyka płyta „Classics”. Longplay ukazał się 2 grudnia.